NVIDIA CEO'sunun vakfından protein araştırmasına dev bulut hibesi

Ne oldu?

Washington Üniversitesi Tıp Fakültesi bünyesindeki Protein Tasarım Enstitüsü (IPD), NVIDIA CEO'su Jensen Huang ve eşi Lori Huang'ın kurduğu Jen-Hsun ve Lori Huang Vakfı'ndan yaklaşık 7 milyon GPU saatlik bulut bilişim hibesi aldı. Enstitü, Haziran ayından bu yana bulut şirketi CoreWeave üzerinden NVIDIA GPU'larına erişiyor; ayrılan kapasitenin enstitüyü bir yıl boyunca desteklemesi bekleniyor.

Neden önemli?

IPD, uzun süredir hesaplamalı yöntemlerle protein araştırması yapıyor. 2003'te David Baker ve Washington Üniversitesi'ndeki meslektaşları, Rosetta yazılımıyla doğada bilinmeyen bir yapıya sahip protein tasarlamıştı. Son yıllarda enstitü, protein yapılarını tahmin eden RoseTTAFold ve yeni proteinler tasarlayan RFdiffusion gibi derin öğrenme araçları geliştirdi. Bu araçlar açık kaynak olarak herkesin kullanımına sunuluyor.

Kısıtlı kapasiteden geniş imkâna

Enstitü bugüne kadar dış bulut hizmetlerinin maliyetini karşılayamadığı için kendi bilgisayar kümesini kullanıyordu. Baker, ekipteki bilim insanlarının her Salı saat 17.00'de kapasiteyi göz önünde tutarak gelecek hafta neyi test edeceklerine karar verdiğini söylüyor. Hesaplama kısıtı nedeniyle araştırmacılar, değişiklikleri tek tek denemek yerine çoğu zaman birkaçını aynı anda uygulamak zorunda kalıyordu.

Açık kaynak araçlar ve bilimsel etki

IPD, bu araçlarla tedavisi zor hastalıklar, plastik atık ve zehirli kirleticiler gibi sorunlara yönelik daha önce hayal edilmemiş proteinler tasarlıyor. Enstitü, kısıtlı imkânlara rağmen Nature ve Science gibi dergilerde düzenli olarak yayın yapıyor. Google DeepMind da benzer şekilde yapay zekâ destekli protein araştırmaları yürütüyor.

Baker, yeni hesaplama kapasitesinin daha fazla fikir ürettiğini belirterek ekibin hızlı bir şekilde yineleme yaptığını söylüyor. Vakfın eş başkanı Jensen Huang ise ek kapasitenin araştırmacılara on milyonlarca moleküler yapı üzerinde yapay zekâ eğitme imkânı tanıdığını ve gelecekteki önemli ilaçların birçoğunun doğada hiç var olmamış proteinlerden gelebileceğini ifade ediyor.